با تلاش پیگیرانه مسوولین وقت بهداری و جمعی از پزشکان شهرستان بیرجند، مقدمات تأسیس دانشکده‌ی پزشکی در سال 1364 با یک ساختمان آموزشی و یک بیمارستان آموزشی (بیمارستان امام رضا (ع)) فراهم شد. آغاز فعالیت رسمی دانشکده‌ی علوم پزشکی بیرجند (با پذیرش 50 دانشجوی پزشکی و 30 دانشجوی پرستاری در نیم‌سال دوم تحصیلی) به سال 1365 برمی‌گردد. با تصویب شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور عنوان این دانشکده در سال 1372 به دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی بیرجند تغییر کرد.

به تدریج همراه با گسترش نیازهای منطقه، تعداد پذیرش دانشجوی پزشکی افزایش یافت و در حال حاضر حدود 130 دانشجوی پزشکی در هر سال تحصیلی وارد این دانشکده می‌شوند. فضای آموزشی مورد استفاده دانشجویان پزشکی شامل کلاس‌های درس و آزمایشگاه‌های واقع در ساختمان اصلی دانشکده، 3 بیمارستان آموزشی، 2 مرکز جامع سلامت شهری و روستایی، یک مرکز مهارت‌های بالینی، کتابخانه و ... است.

علاوه بر این دانشکده‌ی پزشکی بیرجند در رشته‌های تخصصی پزشکی و تحصیلات تکمیلی زیر نیز پذیرای دانشجویان علاقمند است.